Chùa được các nhà nghiên cứu xếp vào quần thể chùa Tứ pháp tại vùng Dâu - Bắc Ninh, tuy nhiên thời điểm xây dựng chùa được xác định muộn hơn bốn chùa kia rất nhiều, tương truyền vào khoảng thế kỉ XIII[2].

Bia đá ở chùa Đại Trạch (thôn Đại Trạch, xã Đình Tổ) có tên Đại Thánh Pháp Thông Phật phả lục do Hàn Lâm Viện Đông các Nguyễn Bính soạn thời Lê Trung Hưng có ghi lại truyền thuyết về Đại Thánh Pháp Thông Phật và ông Trần Hưng Hồng, là con người vợ thứ hai của Trần Hưng Đạo đã cho dựng chùa Xuân Quan để tạ ơn Phật Pháp Thông phù trợ đánh giặc Nguyên[3][4] như sau:

Vua Trần Thánh Tông sai ông Hưng Đạo Đại Vương Trần Quốc Tuấn làm đại nguyên súy thống lĩnh ba quân đem quân đánh giặc, Hưng Đạo Vương sai con Trần Hưng Hồng Vương cầm quân tiến về đạo Kinh Bắc. Qua chùa Xuân Quan, Vương có vào làm lễ để xin phù hộ đánh giặc Nguyên.

Làm lễ xong đã chiều, Vương đóng quân tại đấy, Đức An phủ, đến nửa đêm thấy trong chùa sáng rực hương xạ thơm lừng. Thấy một vị tiên nữ từ trên trời đi thẳng xuống, mình mặc áo vàng, đi thẳng vào ngồi ở trước điện nói rằng, Ta là Đại Thánh Pháp Thông Vương Phật, Ngọc Hoàng sai ta coi giữ tứ Pháp trưởng, Phong Vũ chi Thần, làm chủ tể địa phương này. Thấy nước nhà có giặc Nguyên xâm lược, Vua sai quan quân đi đánh, ta nguyện giúp đỡ để thấy rõ sự linh ứng, nói xong thì biến. Ông Trần Hưng Hồng liền vào làm lễ bái tạ, lập tức cử binh tiến đánh. Quân tiến đến cõi giặc, chưa đánh giặc đã tự tan, người cùng tất cả các danh tướng chém được Ô Mã Nhi, từ đó giặc Nguyên không dám xâm chiếm nữa.

Kéo quân thắng trận trở về, viết biểu dâng Vua nói lên sự linh ứng ở chùa Xuân Quan đã có công giúp phá giặc. Vua trần bèn phong sắc chỉ nguyên theo lời tâu phong là Đại Thánh Pháp Thông Vương Phật linh ứng. Sai quan đem sắc chỉ về dâng tế lễ, cho nhân dân tiền để sửa sang tượng Phật phụng sự.

Về sau rất là linh ứng, cầu phong đảo vũ rất là linh nghiệm. cho nên được sắc phong đời đời hương hỏa, cho muôn đời sau không bao giờ dứt, chuẩn cho Phương Lan xã, Xuân Lan thôn, và Đại Trạch xã cùng phụng sự.

Hội Tạ Ân và nghi lễ thờ Trần Hồng Hưng cùng mẹ ngài là Quế Hoa Nương vẫn được duy trì ở làng Đại Trạch và làng Ư Trì (xã Đình Tổ) gần làng Xuân Quan[5].

Chùa Xuân Quan thực chất là một tổ hợp thờ tự đình - đền - chùa trong cùng một quần thể kiến trúc. Có ba tuyến thờ chính, được bố trí theo ba trục dọc củadi tích[2]:

• Tuyến giữa là nơi thờ Phật chủ Pháp Thông (Đền)
• Tuyến bên trái (nhìn từ trong ra) là nơi thờ Phật tương tự như tòa Tam bảo ở các ngôi chùa khác (Chùa)
• Tuyến bên phải là nơi thờ Thành hoàng làng (ngài Linh Nại đại vương, một nhân vật thời Hùng Vương) (Đình)

Chùa còn lưu giữ được hiện vật cổ nhất là tấm bia tứ diện, đặt trước cửa chùa, được làm năm Chính Hòa thứ 20 (1699) cho biết việc xây dựng gác chuông và đúc quả chuông lớn của chùa vào thời gian này. Đến nay, cả gác chuông và chuông đều không còn. Ở chỗ gác chuông xưa, nay chỉ còn 5 chân tảng lớn (0,70m x 0,70m). Như vậy, bước đầu có thể biết rằng ít nhất là ở cuối thế kỷ XVII, chùa Xuân Quan đã là một ngôi chùa lớn trong vùng[2].